La Iglesia ortodoxa Mayor gravedad revistió el cisma de Oriente, que supuso la ruptura entre las iglesias griegas (y sus filiales de los países eslavos) y la sede romana. El pretexto que motivó esta separación fue una cuestión teológica muy sutil, conocida como el "fílioque». El Concilio de Nicea (año 325) había defendido rotundamente que el Hijo es de «la misma naturaleza» que el Padre, y añadía que el Espíritu Santo «procede del Padre». En el s.VI, un nuevo sínodo de obispos latinos, reunido en Toledo, había modificado ligeramente esta proposición, manifestando que el Espíritu Santo procede del Padre «y del Hijo» (en latín filioque). Esta fórmula fue rechazada por los obispos orientales que querían seguir aferrados a la ortodoxia, es decir, a la «verdadera fe» de los primeros siglos. En 1054, una bula papal decretaba la excomunión de las iglesias griegas, consumando así una ruptura que ya tenía una duración de más de cuatro siglos. Estas iglesias gustaban de denominarse a sí mismas con el término de «ortodoxas», y han conservado este nombre hasta nuestros días.